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O estudante de medicina recém-graduado que desejar fazer a especialidade deverá ingressar em um programa de Residência Médica (RM) em Patologia. Existem numerosas Residências em Patologia na maioria das escolas médicas do país, assim como em grandes complexos hospitalares. Os programas de Residência apresentam duração mínima de 3 anos, envolvendo obrigatoriamente treinamento em patologia cirúrgica, autópsia e citopatologia. Algumas Residências oferecem um ou dois anos complementares de treinamento, em geral dedicados à especialização em técnicas especiais ou em áreas específicas.

Durante o primeiro ano de Residência Médica (R1), o residente deverá, segundo o preconizado pela Comissão Nacional de Residência Médica (CNRM), perfazer 40%, 20% e 20% da carga horária anual mínima em patologia cirúrgica, autópsia e citopatologia, respectivamente. Estágios obrigatórios como técnicas histológicas, registro, informática e sessões anátomo-clínicas devem perfazer 15% da carga horária anual. No R2, o enfoque é na patologia cirúrgica (50%), sendo que a autopsia preenche 20% e citopatologia 15% da carga horária. Ainda no segundo ano, deverá o residente realizar estágio obrigatório em medicina legal (60 horas) entre outras atividades. No R3, o treinamento em especialidades perfaz 30% da carga horária, a patologia cirúrgica 25% e a realização de necropsias em patologia fetal deverá preencher 15% da carga horária anual. A citopatologia no R3 preenche outros 20% da carga horária. As atividades teóricas complementares da Residência devem perfazer 10% da carga horária total do programa, distribuídos ao longo dos 3 anos da RM.

Ao final da Residência, o Residente deverá se sentir seguro para exercer a especialidade de modo independente e com competência, sendo capaz de resolver a maioria dos casos da rotina de um laboratório de Patologia. Ele deverá ter bem claro até onde vai sua capacidade de resolução diagnóstica e nos casos de dúvidas, não hesitar em consultar um outro patologista. Como em qualquer outra especialidade médica, o bem estar do paciente deverá vir sempre antes do orgulho profissional.

Após a Residência, é comum que o Residente faça o Exame de Título de Especialista que é oferecido pela Sociedade Brasileira de Patologia durante o início de cada ano (geralmente no mês de março). O Título de Especialista não é obrigatório ainda para o exercício da patologia, porém é um atestado da capacitação do profissional, representando ponto precioso no currículo profissional do especialista e defesa importante do profissional em casos de processos judiciais.